Hace 20.000 años nada menos, el hombre habitaba ya estos montes, menos hospitalarios y acogedores que ahora, y muchas veces obligado a buscar refugio y seguridad en las grutas. Todavía era la edad del Paleolítico, se desconocían los instrumentos del metal (bronce, cobre o hierro), y era necesario (y obligatorio) fabricar con piedra tanto los utensilios domésticos como las armas para la caza y para la propia defensa.

Las numerosas investigaciones arqueológicas efectuadas en Urdax, en las que se hallaron buriles, hojitas de dorso, raspadores, arpones elaborados con sílex, una aguja de coser de hueso, restos de comida y restos de un enterramiento humano, demuestran que el hombre del Paleolítico que habitó estas tierras, vivió desde hace 10.000 hasta hace 20.000 ó 30.000 años atrás.

El yacimiento arqueológico existente en Alkerdi alcanza el nivel Magdaleniense y en sus paredes se pueden observar varios grabados de extraordinario interés, representando un caballo, un bisonte y un ciervo (no visitable por problemas de conservación).

Las primeras noticias de esta cueva datan de 1808 cuando se utilizó como refugio por personas que huían de las batallas de la guerra de independencia. A partir de 1965, comenzó a ser mencionada como atracción turística, y en la actualidad es propiedad del Ayuntamiento de Urdax, que ha hecho de ellas un lugar atractivo e interesante para el turismo y para los amantes de la naturaleza.